Supper Protein Wire Model 彎曲機
Supper Protein Wire Model Bender?是一種通過在單根連續長度的鋼棒中放置適當的彎曲來輕松制作蛋白質分子的 α 碳骨架模型的裝置。這些模型可以制成任何比例,最小約為 4 毫米/?。在這種尺寸下,模型可以完全獨立,因此不需要外來支撐網絡。它們足夠小,只需要很少的存儲空間,并且足夠堅固,可以承受頻繁的處理和研究。
已經有幾種很好的蛋白質模型可用,但它們都涉及將大量小塊準確地連接在一起,因此構建的費用和難度限制了它們的使用。?幸運的是,彎曲機生成的簡單的一體式蛋白質模型可以用于三維模型最有價值的許多功能。它們以異常清晰的方式展示了每種蛋白質的整體折疊模式,特別適用于比較一個分子內或同源蛋白質之間具有相似結構的區域。在骨架上添加配體和一些選定的側鏈后,這些模型顯示了酶活性位點的三維幾何形狀,這在生化實驗的設計中通常很有用。這些骨架模型可用于教學目的,既可以作為課堂展品,也可以作為學生制作自己的蛋白質模型來學習和保存的實驗室練習。由于這些模型很小并且可以快速構建,因此構建每個已知蛋白質結構的模型是可行的。
彎曲器由杜克大學的 Byron H. Rubin 和 Jane S. Richardson 開發(在美國國立衛生研究院 Grant GM 15000 的支持下)。
無花果。(1) Rubredoxin,顯示鐵原子及其四個半胱氨酸配體。該模型由 1/8 英寸鋼棒彎曲并鍍鎳。它大約有 5 英寸高,比例為 4 毫米/?。
Rubredoxin,顯示鐵原子及其四個半胱氨酸配體。
該模型由 1/8 英寸鋼棒彎曲并鍍鎳。它大約有 5 英寸高,比例為 4 毫米/?。
用于構建蛋白質 α-carbon 模型的彎曲器如下所示。該儀器由三個基本元件組成:一組兩個桿夾、一個旋轉砧和一個直讀彎錘。通過接合移動夾具,松開固定夾具,然后將移動夾具推進到向前擋塊,將固定長度的 0.125 英寸或 3 毫米鋼棒送入彎曲砧座。該坐標系由沿蛋白質骨架的每個殘基的距離、二面角和彎曲角組成。連續的 α 碳 Cn-1 和 Cn 之間的距離由千分尺設置決定。始終將桿固定在兩個桿夾中的至少一個中,這樣就可以作為固定的參考系相對于彎曲機測量二面角。如果 An’ 是 Cn-2Cn-1Cn 平面和 Cn-1CnCn+1 平面之間的局部二面角,則彎曲砧鼓刻度盤上指示的累積二面角 An 為
桿通過彎曲錘刻度盤上讀取的彎曲角度 Bn 彎曲,并有少量的過沖,以允許鋼棒的彈性。
為了確保儀器的使用壽命,彎曲的砧座和錘子以及其他受力部件已硬化至洛氏 45 度。
每臺彎曲機在發貨時都提供了說明材料。詳細描述了彎曲模型的過程。包括十種蛋白質(胰島素、紅氧還蛋白、胰蛋白酶抑制劑、高電位鐵蛋白、細胞色素 b5、細胞色素 C、鯉魚肌瘤、葡萄球菌核酸酶、碳酸酐酶和乳酸脫氫酶)的彎曲角列表,并給出了截至 1972 年 5 月發表的那些蛋白質坐標集的文獻參考。
無花果。(2) 核糖核酸酶 S:S 蛋白和 S 肽的骨架位于 1/8“ 鋼棒中,二硫鍵位于 1/16” 線中。該模型是用彎曲器構建的,比例為 6mm/?,寬約 10 英寸。